A high-throughput cost-efficient in vitro platform for the screening of immune senomodulators
이 논문은 노화에 따른 면역 기능 저하를 완화하기 위해 인간 유래 면역 세포를 대상으로 한 고처리량·비용 효율적인 오믹스 기반 약물 스크리닝 플랫폼을 개발하여, 개인별 맞춤형 면역 노화 조절 치료제의 임상 적용을 가속화하는 방법을 제시합니다.
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systems biology
139 편의 논문
Systems analysis reveals neuregulin-1 control of cardiomyocyte size and shape mediated by distinct PI3K and p38 pathways
이 연구는 시스템 분석을 통해 네우레굴린 -1 이 PI3K 와 p38 경로를 각각 조절하여 심근세포의 크기와 모양을 독립적으로 제어한다는 기전을 규명함으로써 심부전 치료 시 병적 심비대를 선택적으로 표적할 수 있는 새로운 통찰을 제공했습니다.
Detecting and Subtyping Ketoacidosis from Metabolomic Patterns in Forensic Casework
이 논문은 스웨덴의 실제 법의학적 사례를 기반으로 사후 대사체학과 머신러닝을 결합하여 케톤산증 사망을 90% 이상의 정확도로 탐지하고 80% 이상의 정확도로 유형을 분류하는 효과적인 방법을 제시합니다.
A Network-Based Approach for Prioritizing Candidate Genes in Alzheimer's Disease
이 논문은 알츠하이머병의 다인자적 특성을 반영하기 위해 유전자 공발현 네트워크 분석과 다양한 중심성 지표를 통합한 네트워크 기반 프레임워크를 제안하여, RNA 처리 및 시냅스 기능과 관련된 생물학적으로 의미 있는 후보 유전자들을 식별하고 우선순위를 매기는 방법을 제시합니다.
GRNFormer: Accurate Gene Regulatory Network Inference Using Graph Transformer
GRNFormer 는 단일 세포 및 벌크 RNA 시퀀싱 데이터에서 세포 유형 주석이나 사전 규제 정보 없이도 다양한 종과 세포 유형에 걸쳐 확장 가능하고 정확한 유전자 조절 네트워크 추론을 가능하게 하는 그래프 트랜스포머 기반 프레임워크입니다.
mRNA-Protein Coordination is Contextualized by Metastatic Biological Phenotypes
이 논문은 표준 선형 머신러닝 모델을 활용하여 암 전이라는 생물학적 표현형의 맥락에서 mRNA 와 단백질 간의 조율이 상호보완적이고 일관된 정보를 제공하며, 두 모달리티를 통합함으로써 전이 예측 성능을 향상시킬 수 있음을 규명했습니다.
OrthoGather: a local platform for orthology-based proteome and proteomics comparisons and Gene Ontology enrichment
이 논문은 계산적 전문성이 없는 연구자들도 종 간 비교 프로테오믹스 분석과 기능적 주석을 용이하게 수행할 수 있도록, 직관적인 로컬 웹 플랫폼인 OrthoGather 를 개발하고 그 기능과 활용성을 제시합니다.
Blood Biochemical Responses to Acute Exercise: Findings from the Molecular Transducers of Physical Activity Consortium (MoTrPAC)
이 연구는 MoTrPAC 컨소시엄을 통해 유산소 운동과 저항성 운동이 수면 시간대별로 혈액 내 전사체, 단백질, 대사체에 미치는 광범위한 분자적 변화를 규명하고, 두 운동 방식 간의 공통점과 면역 반응, 지질 대사, 조직 재생 및 혈관 생성 관련 경로에서의 차이점을 최초로 포괄적으로 제시했습니다.
Mechanistic Modeling of Intrinsic Drug Resistance in Prostate Cancer Apoptosis Signaling
이 논문은 민감도 분석, 입자 군집 최적화 및 이미지 분석 도구를 활용한 상미분 방정식 모델을 통해 전립선암 세포의 아포토시스 신호 전달을 모델링하고, 세 가지 전구 아포토시스 약물에 대한 반응성을 분석하여 내성 극복을 위한 핵심 표적을 규명했습니다.
Trans-acting Determinants of Gene Expression: Effects of Transcription Factor Affinity, Abundance, and Localization
이 연구는 전사 인자의 결합 친화도, 농도, 국소화 등 전사적 요인과 프로모터 결합 부위 강도 등 시스적 요인의 상호작용을 체계적으로 분석하여, 유전자 발현 조절에서 결합 부위 강도가 가장 큰 영향을 미치고 전사 인자의 친화도 변화는 주로 완충되며 이들 요소 간에는 성능 트레이드오프가 존재함을 규명했습니다.
Thymic selection of the T cell receptor repertoire is biased toward autoimmunity in females
이 연구는 여성에서 자가면역 질환과 관련된 자가항원에 특이적인 T 세포 수용체가 더 많이 선택되고 조절 T 세포에서는 그 빈도가 낮아지는 성별 특이적 불균형을 발견함으로써, 여성이 자가면역 질환에 더 취약한 생물학적 기전을 규명했습니다.
Phase-space distance between stationary states mudulates phenotypic plasticity in breast cancer
이 논문은 유전자 조절 네트워크의 위상 공간 거리와 분기 구조가 비보존적 환경에서 전이 확률과 시간을 결정한다는 기하학적 프레임워크를 제시함으로써, TNBC 의 현상적 가소성과 이질성이 HER2+ 유형보다 역동적으로 민감하고 변동성이 큰 이유를 설명합니다.
Reconstructing biologically coherent cellular profiles from imaging-based spatial transcriptomics
이 논문은 외부 주석이나 참조 지도 없이 유전자 간 일관성과 공간적 공존을 활용하여 이미지 기반 공간 전사체 데이터의 세포 할당 오류를 보정하고 누락된 세포를 재구성하여 생물학적 해석의 정확성을 높이는 TRACER 도구를 제안합니다.
Multi-omic responses to acute exercise in abdominal subcutaneous adipose tissue of sedentary adults: findings from MoTrPAC
MoTrPAC 연구는 건강한 비활동성 성인의 복부 피하 지방 조직에서 유산소 및 근력 운동 후 시간 경과에 따른 전사체, 단백질체, 인산화 단백질체, 대사체 분석을 통해 혈당 조절 및 대사 건강과 관련된 지방 조직 특이적 분자 반응과 운동 유도성 사이토카인 (exerkines) 을 규명했습니다.
Structured Schemas for LLM-Modeler Collaboration in Quantitative Systems Pharmacology Model Calibration
이 논문은 대규모 언어 모델 (LLM) 의 환각 오류를 방지하고 정량적 시스템 약리학 (QSP) 모델 보정을 위한 데이터의 완전성과 재현성을 보장하기 위해, 구조화된 검증 스키마를 통해 LLM 과 모델러 간의 협업을 가능하게 하는 MAPLE 프레임워크를 제안하고 평가합니다.
Metal binding site alignment enables network-driven discovery of recurrent geometries across sequence-divergent proteins and drug off-targets
이 논문은 금속 결합 부위를 점구름으로 표현하고 정렬하여 대규모 유사성 네트워크를 구축함으로써, 서열이 다른 단백질 간의 금속 결합 기하학적 유사성을 발견하고 약물 오프-타겟 상호작용을 예측하는 확장 가능한 프레임워크를 제시합니다.
Network pharmacology-based discovery and experimental validation of novel drug repurposing candidates in Alzheimer's Disease
이 논문은 네트워크 약리학 접근법과 실험적 검증을 통해 알츠하이머병 치료에 유망한 신약 재창출 후보물질로 타우로우르소데옥시콜산 (TUDCA) 과 아룬딘 (arundine) 을 발굴하고, 이들이 G 단백질 신호 조절을 통해 질병 관련 분자 표현형을 회복시킨다는 메커니즘을 규명했습니다.
Dynamic effects of fructose and Momordica charantia supplementation on pulmonary hypertension in broiler chickens
본 연구는 가변적 모델링을 통해 고과당 옥수수 시럽과 모모르디카 차란티아 보충제가 폐동맥 고혈압을 유발한 육계에서 체중 증가 및 폐동맥 고혈압 완화 등에 미치는 동적 영향을 평가한 결과, 두 보충제 모두 폐동맥 고혈압을 완화시켰으며 특히 고과당 옥수수 시럽이 더 효과적이었음을 밝혔습니다.
On the limits of detection of epistatic higher-order interactions
이 논문은 미생물 군집에서 고차 상호작용이 약하게 관측되는 것이 생물학적 단순성 때문이 아니라, 구조적·통계적 제약으로 인한 검출 한계와 실험 노이즈의 영향임을 이론적 모델과 실험 데이터를 통해 규명하여, 고차 상호작용의 정량화에는 보편적인 차수 의존적 한계가 존재함을 시사합니다.
Toroidal Search Algorithm: A Topology-Inspired Metaheuristic with Applications to ODE Parameterization in Mathematical Oncology
이 논문은 경계 정체를 해결하고 차원의 저주에 강인한 새로운 메타휴리스틱 최적화 알고리즘인 토로이달 서치 알고리즘 (TSA) 을 제안하고, 이를 수학적 종양학의 역문제에 적용하여 생리학적 매개변수를 안정적으로 추정하는 것을 입증합니다.